เพอร์โซนา 4 ยังคงรูปแบบการเล่นไว้เช่นเดียวกับ เพอร์โซนา 3 ซึ่งผสมลักษณะของเกมวิชวลโนเวลเข้ากับการฝ่าดันเจี้ยนแบบเกมอาร์พีจีทั่วๆไป โดยผู้เล่นจะควบคุมการใช้ชีวิตของตัวเอกในแต่ละวัน แต่ได้ปรับรายละเอียดและเนื้อหาของอีเวนต์ให้หลากหลายมากกว่าเดิม กิจกรรมในแต่ละวันของตัวเอกนั้นจะมีผลกับค่าสถานะทั้งห้าของตัวเอก คือ ความรู้ ความอดทน ความเข้าใจ การแสดงออก และ ความกล้าหาญ ค่าสถานะทั้งห้านี้ไม่มีผลกับการต่อสู้ แต่จะมีผลต่อการทำอีเวนต์ต่างๆในแต่ละวัน ซึ่งรวมถึงการทำงานพิเศษหรือสร้างความสัมพันธ์ทางสังคมกับตัวละครต่างๆ เรียกว่าโซเชียลลิงก์ (Social Link ฉบับภาษาญี่ปุ่นจะเรียกว่า คอมมิว (ญี่ปุ่น: コミュ โรมาจิ: Comiu) ซึ่งย่อมาจาก คอมมิวนิตี) ซึ่งตัวละครที่เป็นโซเชียลลิงก์นี้จะแยกตามอาร์คานาต่างๆและตัวละครแต่ละตัวก็จะมีเนื้อเรื่องย่อยของตัวเองซึ่งค่อยๆเปิดเผยเมื่อผู้เล่นสนิทสนมกับตัวละครนั้นมากขึ้น

ในส่วนของการต่อสู้นั้น ตัวเอกสามารถนำสมาชิกร่วมกลุ่มได้สูงสุดสามคน นอกจากจะโจมตีศัตรูโดยการใช้อาวุธแล้ว ตัวละครยังสามารถเรียก เพอร์โซนา ซึ่งมีรูปลักษณ์เป็นสิ่งต่างๆในตำนานและความเชื่อ ระดับความสามารถของตัวละครนั้นจะขึ้นอยู่กับเพอร์โซนาที่ใช้ ตัวเอกเป็นตัวละครตัวเดียวที่ผุ้เล่นสามารถเปลี่ยนเพอร์โซนาในการต่อสู้ได้ ผู้เล่นยังสามารถผสมเพอร์โซนาของตัวเอกเพื่อให้ได้เพอร์โซนาใหม่ได้คล้ายกับปิศาจในเมกามิเทนเซย์ภาคอื่นๆ เพอร์โซนาแต่ละตนนั้นจะแบ่งเป็นกลุ่มต่างๆตามอาร์คานา และความสนิทสนมระหว่างตัวเอกกับตัวละครโซเชียลลิงก์จะทำให้เพอร์โซนาในอาร์คานาเดียวกันที่ได้จากการผสมแข็งแกร่งขึ้นตามไปด้วย ระหว่างการต่อสู้นั้นผู้เล่นเลือกที่จะควบคุมตัวละครทุกตัวหรือควบคุมตัวเอกเพียงคนเดียว โดยปล่อยให้ตัวละครอื่นๆจะทำการต่อสู้โดยอัตโนมัติตามรูปแบบคร่าวๆที่กำหนดไว้เช่นเดียวกับภาค 3 ก็ได้

เพอร์โซนา 4 นี้ ดันเจี้ยนต่างๆจะอยู่ในโลกแห่งโทรทัศน์ซึ่งเรียกว่า สถานีเที่ยงคืน โดยในแต่ละเดือน ผู้เล่นจะต้องเข้าไปในดันเจี้ยนใหม่ๆเพื่อช่วยเหลือคนที่ติดอยู่ในสถานีเที่ยงคืนซึ่งมีลักษณะต่างๆกัน โดยต้องต่อสู้กับศัตรูที่เรียกว่า ชาโดว์ ในแต่ละชั้นของดันเจี้ยนจะทำการสุ่มขึ้นเมื่อตัวเอกทำการสำรวจ โดยชั้นของดันเจี้ยนที่สำรวจแล้วจะอยู่ในสภาพเดิมจนกว่าตัวเอกจะกลับไปยังทางเข้าของโลกแห่งโทรทัศน์ โดยในสถานีเที่ยงคืนแต่ละแห่งจะมีบอสอยู่ ซึ่งถ้าผู้เล่นไม่สามารถเอาชนะบอสได้ในวันที่กำหนดไว้ในเกมก็จะทำให้เกมจบลงทันที เพอร์โซนา 4 ยังได้เพิ่มสภาพอากาศในแต่ละวัน ซึ่งจะมีผลต่ออีเวนต์ต่างๆและพฤติกรรมของชาโดว์ในโลกแห่งโทรทัศน์